Rafała jest przypomnieniem nie tylko jednego ze źródeł cierpień ludzi w Europie, ale jest przede wszystkim ukazaniem zwycięstwa dobra nad złem, łaski nad grzechem, siły ducha nad strukturami przemocy.
Duchowość św. o. Rafała oraz całą jego formację przed powstaniem i po niewoli trzeba widzieć w owym klimacie Syberii, który przylegał do myślenia rodzinnego i narodowego i był wezwaniem do najlepszych cnót chrześcijańskich i narodowych.
Drodzy ojcowie karmelici bosi, on mówi do was swoim przykładem; zaprasza was, byście byli, jak on, ludźmi modlitwy, zakonnikami oddanymi kontemplacji Bożych tajemnic i dobrymi kierownikami duchowymi.
Doświadczył on szczególnej obecności Maryi w procesie swojego nawrócenia, a następnie wstąpił do Karmelu, który z założenia jest "zakonem maryjnym", nic więc dziwnego, że stał się Jej oddanym synem.
Od chwili nawrócenia w sposób szczególny przeżywał swoją więź z Kościołem. Najpierw była to wdzięczność za sakramenty święte, zwłaszcza za chrzest, sakrament pokuty i Eucharystię. "W nędzy życia mojego w cóż bym się obrócił, jeśli bym nie miał otwartych skarbów w Kościele Twoim, o dobry Zbawicielu?"
Modlitwa jest związana z ascezą. Modlitwa w dużej mierze zależy od stopnia oczyszczenia się ze wszystkiego co nie jest Bogiem i do Niego nie prowadzi. Podstawową praktyką ascetyczną jest ćwiczenia się w cnotach. Święty zaleca, by to ćwiczenie w cnotach kontrolować na rachunkach sumienia.
W rozumieniu św. Rafała – istotą świętości są cnoty teologalne. One bowiem zawierają i wyrażają w sobie to, co najważniejsze w życiu człowieka. Uzdalniają go do udziału w życiu samego Boga, zarówno tu na ziemi, jak również i po śmierci.
Święty Rafał Kalinowski, który odnowił faktycznie zakonny polski Karmel w jedynym (z istniejących 28 klasztorów) ocalałym z powstań klasztorze karmelitów bosych w Czernej, stał się również faktycznym twórcą Karmelu dla świeckich. Był otwarty na potrzeby wiernych świeckich, poświęcił się dla nich całkowicie, spędzając ogromne ilości czasu w konfesjonałach (...)
Przede wszystkim zauważa, że źródłem pragnienia i wewnętrznej siły do podjęcia trudu walki z grzechem jest osobiste doświadczenie Bożej miłości. Jedynie ona jest w stanie dokonać głębokiej przemiany myślenia i postępowania człowieka, a więc tego, co określamy mianem nawrócenia.