Śmierć ojca Jana od Krzyża była przez współczesnych traktowana jako śmierć świętego. W jego Zakonie przejawia się natychmiast chęć zbierania informacji, które mogłyby uwiecznić pamięć o nim i stanowić będą bazę, na której Kościół usankcjonuje świętość jego życia.

W pierwszych latach siedemnastego wieku Józef od Jezusa i Maryi (Quiroga) oraz Hieronim od św. Józefa, jego biografowie, zebrali liczne i cenne informacje. W 1613 generalny przełożony kongregacji hiszpańskiej, Józef od Jezusa i Maryi, mianował prowincjałów swoimi prokuratorami przy biskupach w celu przygotowania procesu beatyfikacyjnego. Lokalne procesy informacyjne przeprowadzono w latach 1614-1618 w Medina del Campo, Caravaca, Avila, Segovii, Jaen, Baeza, Ubeda, Alcaudete, Maladze i Beas de Segura. Najwybitniejszym z prokuratorów w całym procesie kanonizacyjnym świętego był Alonso od Matki Bożej (Asturicense).

Po otrzymaniu autentycznej kopii procesu informacyjnego Święta Kongregacja Obrzędów 1 lutego 1627 wysyła listy do biskupów Jaen, Segovii, Granady, Malagi i Valladolid zalecając zbieranie informacji in specie, otwierając w ten sposób proces apostolski. Przełożony generalny, Jan od Ducha Świętego, mianował ośmiu ojców jako swoich prokuratorów. Między nimi był Alonso od Matki Bożej. W końcu 1628 zakończono przesłuchiwanie świadków i procesy, a ich kopie przesłano do Rzymu. Z różnych powodów w przeszło dwudziestu miastach Hiszpanii, Portugalii, Francji i Włoch przeprowadzono procesy szczegółowe (w tym również w następnym stuleciu przy okazji kanonizacji).

Dwa dekrety papieża Urbana VIII z 1625 i 1634 zabraniały oddawania czci osobom zmarłym w opinii świętości bez zezwolenia kościelnego. Wymagano procesu, który potwierdziłby świętość w sposób urzędowy. Segovia i Ubeda w sposób nieskrępowany wyrażały swoją cześć dla ojca Jana, gdyż wspomniane dekrety papieskie dotarły tam dopiero w latach 1647 i 1648. Sytuacja taka mogła spowodować przerwanie procesu beatyfikacyjnego. Natychmiast więc usunięto wszelkie ślady kultu. Szczątki ojca Jana zostały pochowane zwyczajnie w ziemi, po czym przeprowadzono proces wyjaśniający, którego akta zostały przesłane do Rzymu. Ostatecznie jednak te fakty nie wpłynęły na przebieg sprawy.

Przykre doświadczenie pobudza wspólnotą z Segovii do ponownego podjęcia procesu beatyfikacyjnego, który w Rzymie został wstrzymany. Bosi zwracają się do króla Filipa IV, który pisze do papieża (16 kwietnia 1648), do definitorium generalnego kongregacji hiszpańskiej i do prokuratora generalnego w Rzymie. Na życzenie Kongregacji Obrzędów wszczęto właściwy proces de non cultu, przeprowadzony pomiędzy 16 lutego 1649 a 9 lutego 1651. Proces badający pisma ojca Jana odbywał się w atmosferze szczególnej wrażliwości na jakiekolwiek treści podejrzane o nieprawowierność. Cenzorem został mianowany znany teolog karmelitański Juan Bautista Lezana, były student kolegium w Salamance, w którym studiował niegdyś Jan od św. Macieja. Lezana dokonał analizy dzieł w ciągu trzech miesięcy i ocenił je bardzo wysoko.

Opublikowano też opis dziewiętnastu cudów przypisywanych wstawiennictwu Jana od Krzyża, z tego trzynaście pośmiertnych. Jeden z nich godzien jest zapamiętania z powodu bogatej ikonografii przez niego inspirowanej: w małym kawałku ciała ojca Jana wiele osób widziało postać sługi Bożego na kolanach przed Chrystusem ukrzyżowanym, a pomiędzy nimi ukazywała się czasami Matka Boża, sama lub z Dzieciątkiem, Najświętszy Sakrament, czy też Duch Święty w formie gołębicy…

25 stycznia 1675 Klemens X ogłosił brewe beatyfikacyjne, które rozpoczyna słowami Spiritus Domini. Uroczyste obchody w Hiszpanii odbyły się w trzech ośrodkach: Fontiveros, Segovia i Ubeda. Cały zakon karmelitów bosych otrzymał przywilej odprawiania Mszy św. i recytowania oficjum o Błogosławionym.